Mastodon phát hành lần đầu tiên vào tháng 10 năm 2016 và dần mở rộng vào tháng 4 năm 2017.[11]

Tháng 11 năm 2017, những nghệ sĩ, nhà văn, doanh nhân như Chuck Wendig, John Scalzi, Melanie Gillman và sau là John O'Nolan (nhà sáng lập Ghost CMS) tham gia Mastodon.[12][13][14][15][16]

Số người dùng toàn cầu từ 766,500 vào ngày 1 tháng 8 năm 2017[17] đã chạm mốc 1 triệu vào ngày 1 tháng 12 cùng năm.

Vào tháng 4 năm 2018, lượng người dùng Mastodon đột ngột tăng cao bởi phong trào #deletefacebook.[18][19]

Thông báo cấm nội dung người lớn của Tumblr vào tháng 12 năm 2018 cũng khiến một số lượng lớn người dùng Tumblr chuyển sang Mastodon.[20]

Nhiều người dùng Twitter Ấn Độ mang xu hướng chính trị cánh tả cũng chuyển sang dùng Mastodon sau khi cho rằng Twitter chỉ kiểm duyệt tài khoản của những người dùng tầng lớp xã hội thấp.[21]

Tính tới tháng 1 năm 2021, Mastodon đạt hơn 4,4 triệu người dùng.